Bercerita tentang seorang siswa bernama Nariyuki Yuiga, ia merupakan salah satu siswa pintar yang ada di sekolahnya walaupun dirinya berasal dari keluarga yang miskin. Dulu saat Nariyuki masih kecil, ia pernah menjadi orang yang bodoh dan tetap gagal walaupun sudah berusaha, namun kata-kata motivasi ayahnya yang dulu menyebutkan bahwa “pria tak boleh menyerah, hanya orang yang pernah gagal yang dapat memahami perasaan orang yang tak bisa” membekas didalam hati Nariyuki. Saat ini, tujuan Nariyuki yaitu mendapatkan beasiswa VIP disekolahnya agar mendapat biaya kuliah gratis dari sekolah. Walaupun dirinya dinilai telah layak, ada satu persyaratan yang diberikan oleh kepala sekolah untuk Nariyuki, yaitu membantu kedua siswa jenius Fumino Furuhashi & Rizu Ogata. Rizu Ogata dikenal sebagai Komputer Super Thumbelina karena kejeniusannya dalam matematika & fisika. Fumino Furuhashi dikenal sebagai putri tidur sastra karena kejeniusannya dalam sastra modern & sastra klasik. Namun, berbanding terbalik dengan kehebatan mereka dalam bidangnya masing-masing, karena beberapa alasan, Rizu malah ingin masuk universitas sastra & Fumino ingin masuk ke universitas fisika. Dan pastinya, mereka sama-sama bodoh dalam pelajaran tersebut. Bagaimanakah cerita selanjutnya? apa rencana Nariyuki agar dapat membuat mereka berdua lolos di universitas yang mereka inginkan? Tonton juga kelanjutannya, Bokutachi wa Benkyou ga Dekinai Season 2.