Tahun 2071, umat manusia kini telah berada diambang kepunahan karena munculnya makhluk-makhluk mengerikan bernama “Aragami”. Aragami telah membuat bumi porak poranda bahkan telah banyak menelan korban jiwa serta menghancurkan kehidupan spesies lainnya di bumi. Aragami sangat sulit untuk dikalahkan, mereka kebal terhadap serangan dari senjata biasa hingga bom sekalipun. Untuk menanggulangi ancaman tersebut, manusia kini membentuk sebuah unit khusus yaitu “Fenrir”. Fenrir mengumpulkan korban-korban yang masih selamat dari seluruh tempat dan mengevakuasi mereka ketempat yang aman untuk mencegah kepunahan manusia. Walaupun dalam ambang kehancuran, manusia kini sedang merencanakan untuk menyerang para Aragami dengan dibentuknya pasukan khusus yang bernama “God Eater”. Dipersenjatai dengan senjata khusus God Arcs, satu-satunya senjata yang dapat melawan dan membunuh Aragami serta kekebalan tubuh para God Eater telah ditingkatkan dengan obat dan cairan tertentu yang membuat mereka lebih kuat dari manusia lainnya. Akankah manusia dapat membasmi monster-monster Aragami?