Season ke-2 dari anime Haiyore! Nyaruko-san. Mahiro Yasaka merupakan seorang siswa biasa seperti orang pada umumnya. Suatu hari, ia diserang dan dikejar-kejar oleh makhluk misterius yang tampak sangat berbahaya. Namun, tiba-tiba sesosok gadis berambut perak menolongnya dari kejaran makhluk mengerikan tersebut. Ternyata ia merupakan seorang Nyarlathotep bernama Nyaruko. Nyaruko mengaku dirinya sebagai seorang alien yang bekerja di sebuah agen Organisasi pertahanan planet yang bertugas untuk melindungi bumi. Saat ini ia memiliki misi untuk mengejar organisasi kriminal yang memperdagangkan budak di bumi dan berbagai tindakan kriminal lainnya, salah satunya yang berusaha menculik Mahiro sebelumnya. Nyaruko berjanji kepada Mahiro akan selalu melindunginya dari alien-alien jahat. Karena itulah mulai hari ini Nyaruko memutuskan untuk tinggal serumah bersama Mahiro. Mulai saat itulah kehidupan Mahiro berubah secara drastis. Bagaimanakah kisah mereka semua di season kali ini?