Pada dasarnya IS (Infinite Stratos) merupakan sebuah alat untuk berperang yang memiliki kekuatan dan daya tempur yang tinggi, bahkan penggunaan IS dilarang untuk kepentingan Militer dan Perang karena dapat mengancam kestabilan dunia, dan sayangnya sampai saat ini penggunaan IS hanya dapat digunakan oleh para Wanita saja. Hingga suatu hari muncul seorang laki-laki berusia 15 tahun bernama Ichika Orimura yang tak sengaja dapat mengaktifkan sebuah IS yang pada umumnya hanya dapat digunakan oleh kaum perempuan. Kecocokannya dengan IS mampu mebuatnya mengendalikan IS serta menjadikannya pilot IS laki-laki pertama yang ada, Oleh karena itu ia dipaksa untuk masuk ke sebuah sekolah “IS Academy” yang bertujuan untuk mempelajari tentang IS. Dari sinilah cerita dimulai, dimana ia ditempatkan ke sebuah sekolah yang isinya hanya kaum Wanita membuatnya menjadi laki-laki pertama di sekolah tersebut dan membuat gempar. Namun untungnya ia juga bertemu dengan teman masa kecilnya dan teman-temannya baru lainnya. Kehidupannya yang baru dikelilingi para gadis kini dimulai. Tonton juga kelanjutannya disini, Infinite Stratos S2.