Season ke-2 dari Anime Shakugan no Shana. Pertempuran mereka untuk melindungi manusia dari serangan Tomogara kian berlanjut. Di malam hari para Flame Haze bertempur melawan makhluk-makhluk supernatural. Saat ini Shana, Alastor, beserta Lord dari Realm Crimson, terus bertempur dengan makhluk yang ingin mencuri kekuatan beredaan manusia, Denizen. Di pertempuran terakhirnya, Yuji diturunkan menjadi Mystes, yaitu sebuah “obor” yang memiliki kekuatan yang sangat besar, hampir tak terbatas. Denizen juga sedang mengincar Yuji dan ingin menggunakan Yuji sebagai alat untuk mengganggu keseimbangan dunia dari Realm, karena itu Shana memutuskan untuk melindunginya, dan Yuji juga akhirnya bergabung bersama perjuangan mereka melawan Denizen. Bagaimanakah kisah selanjutnya?